財団法人 蛋白質研究奨励会
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データベースについて

■蛋白質構造データバンク(Protein Data Bank: PDB)

情報の内容

 蛋白質構造データバンクは国際的に統一化された生体高分子の構造データベースです。本財団は,大阪大学蛋白質研究所と連携して日本蛋白質構造データバンク(PDBj: Protein Data Bank Japan)を運営し,JST-NBDC(JPMJND2205)の支援を受けてPDBjの分室を設置してデータ登録業務を分担しています。

■文献データベース (PRF/LITDB)

収集の範囲

 国内にて入手可能な全学術雑誌に発表されたものの中からペプチドを主題として扱っている文献を選別し、2009年(Vol. 35)迄は、各文献のタイトル、著者名、雑誌名、当財団で独自に作成した抄録を収録しています。2010年(Vol.36)以後は、各文献のタイトル、著者名、雑誌名、アブストラクトを収録しています。
 ここでいうペプチドとは主として構成アミノ酸数 50 残基以内のものを指しますが、1988 年の Vol.14 版からはペプチドの範囲をさらに広げて構成アミノ酸数 100 残基までのものも含めています。2009年(Vol.35)までは、一次構造、高次構造に関係した論文は高分子量のタンパク質に関するものであっても、構成アミノ酸数にかかわらず収録しています。

 タンパク質の免疫活性部位、機能部位、活性フラグメントなどに関する論文も収録対象としています。また、タンパク質の変異体や遺伝病、化学修飾に関する文献も一次構造との関連が記載されていれば、収録対象となります。

アミノ酸、ペプチドの分析手法に関する文献も収録対象となっています。

情報の内容

 2010年(Vol.36)以後では、選別された各文献の、雑誌名、著者名、論文タイトルなどの書誌事項及びアブストラクトが収録されています。2009年(Vol.35)までは、専門の担当者によって文献の内容を的確に表現した抄録が収録されています。

文献の内容に応じてセクションコードを与えて利用者の検索に便宜を図っています。

■アミノ酸配列データベース(PRF/SEQDB)

情報の内容

 ペプチド・タンパク質のアミノ酸配列のデータベースです。ホルモン・オータコイドなどの短いペプチドの配列も含まれています。また、遺伝子の配列から予測されるアミノ酸配列も含んでいます。さらに、配列が記載されている文献を容易に検索することができます。
 PRF/SEQDBは、文献に発表された配列をもとに作成していますので EMBL, GenBank, SwissProt などに登録されていないアミノ酸配列も含まれています。

■合成物質データベース(PRF/SYNDB)

情報の内容

 化学合成されている非天然アミノ酸・アミノ酸誘導体・ペプチドに関するデータベースです。化学合成に関する文献から合成されている物質名、構造および分子量の情報を抽出し、データベースに収録ています。 また、合成中間体も含まれています。構造や分子量から、その合成に関して記載されている文献を容易に検索することができます。但し、すべてのデータに分子量は収録されてはいません。
 文献情報、構造とあわせて化学構造式の図も表示されます。

社内あるいは各研究室で独自に当財団のデータベースの検索システムの構築をご希望の場合は、別途お問合わせください

●本データベースの作成にあたっては日本学術振興会の研究成果公開促進費の援助を受けております。

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