昭和33年4月
大阪大学に全国共同利用研究所として、大阪大学蛋白質研究所が設立され、赤堀四郎教授が初代所長に任命された。
昭和34年8月
蛋白質研究の重要性にかんがみ、蛋白質研究の助成団体として蛋白質研究所内に蛋白質研究奨励会（任意団体）設立され、太田垣士郎氏（関西電力（株）会長）が会長に就任した。
昭和37年4月
文部大臣より本会の財団法人への改組が認可された。太田垣士郎氏が初代理事長に就任した。
昭和38年4月
ペプチド事業部が設置され、わが国におけるペプチド研究を支援するために、合成ペプチドおよび合成用試薬類の販売を開始した。
昭和39年6月
松原与三松氏（日立造船（株）会長）が理事長に就任した。
昭和42年5月
赤堀四郎氏（大阪大学名誉教授）が理事長に就任した。
昭和46年5月
箕面市内にペプチドに関する研究及び製造のための施設を建設することになり、榊原俊平氏が蛋白質研究所助教授を退官し、常務理事に就任、全事業活動を総括することになった。
昭和47年5月
新館完成とともに現在地に移転した。
昭和50年11月
ペプチド研究所の設置が正式に承認され、榊原俊平常務理事が研究所長に任命された。
昭和52年4月
ペプチド合成販売事業の発展にともない、株式会社ペプチド研究所 (社長 榊原俊平) が設立され、事業部の営業部門が株式会社に移行した。
昭和54年3月
ペプチド研究所が日本育英会の奨学金返還を免除される研究所に指定された。
昭和56年10月
アジア分子生物学研究機構 (AMBO) 設立準備委員会との共同事業として、第一回技術研修講習会を開催した。
昭和58年4月
ペプチド合成事業を株式会社に移行させることになった。それにともない鈴木友二理事 (大阪大学名誉教授) が常務理事に就任した。
昭和60年7月
倉橋潔理事 (大阪大学名誉教授) が常務理事に就任した。
昭和63年2月
赤堀四郎理事長の後任として、鈴木友二理事が理事長に就任した。
昭和63年4月
芝哲夫理事 (大阪大学名誉教授) がペプチド研究所長に任命された。
平成9年7月
鈴木友二理事長 (平成9年1月死去)の後任として倉橋潔常務理事が理事長に就任した。
平成9年11月
特定公益推進法人であることの証明書を文部大臣より交付された。
平成12年9月
（株）ペプチド研究所拡張のため、財団事業部が千里ライフサイエンスセンタービル１５階に分室として移転した。
平成19年2月
（株）ペプチド研究所が彩都に研究所を新築し営業部以外が彩都研究所に移転した。それに伴い、財団事業部（分室）が箕面本館に戻った。
平成21年7月
倉橋潔理事長の後任として木村皓俊理事（株式会社ペプチド研究所代表取締役会長）が理事長に就任した。
